我是全球漫游友，因工作需要，常年旅行各国，我来详细解答题主的疑问。
题主在日本离境的时候，手机被海关人员拿走检查，一定是有违反现场的有关规定，但可以确认不是很复杂的问题，应该是现场“不当使用手机”的行为。
图：海关门口有提示“禁止拍照”（见红圈标识）
一般所有国家的出入境都有以下规定，请注意：
01
机场安检现场不允许拍照，尤其是离境安检时不允许拍照，有些旅客（游客）处于好奇或者没有注意提醒标识，拿出手机拍照，这是不允许的。
图：机场大厅的安检处，禁止拍照的！
02
出入境海关或者边检时禁止拍照，尤其是一个国家在入境时，禁止使用手机，包括通话，有些朋友抵达机场在排队等候入境的过程中习惯给家人“报平安”，一定不要在排队时打电话，要么在落地后或者入境完毕后拨打，不要在排队时拨打。
03
离境时通过海关或边检排队过程中，不要拍照！不能打电话，也不能大声喧哗，否则，边检人员可能处罚，检查手机并责令删除照片已经是比较宽容的处罚了。
图：某国的签证大厅，也是禁止拍照的（见红圈标识）
04
遇到以上情况，一定要配合，不要争执，以“不了解规定”解释并道歉，一般不会对你严重处罚的，这不是歧视某个人，所有国家都有这方面的规定！
不要把问题想的太复杂，如果是其它问题，就会把你的护照和人扣下啦，怎么会单独检查手机呢。
最后强调，无论在哪个国家出入境时，一定要注意现场的提示，不要违反规定，不要情绪激动的争吵，如果是遇到不公正的执法，可以和当地使馆联系。
正常，各国海关都有权检查出入本国境人员的电子设备，包括手机，电脑，硬盘等等。
不过，这事干得最多的是美国，美国这种国家干啥都不奇怪，其次如加拿大，新西兰，俄罗斯，中东国家等等，我去日本没有被查过，在美国纽约被查过，是在第二次检查时抽查。因为之前做过功课，连微信内容都清得一干二净，电话簿里也没有什么特别引人注意的，支付里也多是一些日常用品，所以，一会儿就归还了。
各国法律，对进，出境内的，不管你是本国人还是外国人，进出海关，海关有权对你的任何物品，包括电子物品，如手机，电脑，存储器进行检查和扣押。
有人说，我不告诉密码就行了 ？那 不行，如果你入境他国，他国可以直接遣返，哪来的回哪去。如果你是从他国返回，那么不好意思，直接扣押。
美国机场安检
各国海关查的东西差不多，涉及国家安全，盗版，犯罪，非法打工等等，为了引进不必要的麻烦，建议您：
1、出国前将手机，电脑或其它存储的内容备份，尽量都删除，因为你也不知道你触动了哪个国家的哪根敏感神经，也许就是一次简单的购物清单，或者是一封无关紧要的邮件，或者是微信里的聊天内容。返程时，关于该国的一些可能涉及盗版，犯罪等等的东西不要拍，不要下载存储，也不要在微信里和国内朋友聊关于该国的政治负面消息，比如关于泰王和日本天皇等等。
2，如果你被抽检，加密的文件最容易引起他们的注意。这个时候，如果你没什么特殊的，不要对海关人员撒谎，把密码告诉他们，有什么答什么，老老实实的。你不告诉密码，不让你进入还会记录黑名单，返程你也回不去，电子设备可能还会扣留。
3，任何图片，我建议除了风景照之外，都不要留，有些国家的神经比较特殊，比如中东，还有些涉及到儿童犯罪动物保护等等的，有时你给自己孩子拍一段游泳的视频，都有可能被反复审查。
4，有可能涉及到盗版的音乐，影像资料等等。都要删除。
现在的国际社会非常复杂，每个国家都是外松内紧，到他国时，遵守他国法律，查什么你就交什么，不要干违法的事，有可能涉及的违法的事，事先要注意。
你在日本海关，手机被拿走几分钟，是去检查了，不一定是专门针对你，这是一种抽查，还给你了，说明没有什么值得注意的，不有担心。至于日本海关也不会给你手机安装什么，拷贝不拷贝的不敢说，不过，做为一介平民，你我有什么可隐藏的呢？就算你隐藏，又有什么秘密能藏得住呢？
日本东京羽田机场
日本东京成田机场
毁我塑我 一个过客独自行走他乡
我十几年往返日本几十次 一次也
没有被查手机 可能你长得与众不同或是行为与众不同吧[捂脸][捂脸]
我在日本工作了六年多，和日本人打交道有十多年，这期间每年都有十几次，甚至几十次的往返于中日之间，两三年就用完了一本护照。
但是题主所说的这种情况从来没遇到过，不仅我自己没有遇到过，我的同事、朋友和到日本旅游的同学、亲戚也都没有遇到过，我这是第一次听说日本的海关会要求检查手机。
日本人信奉言论自由，所以对舆论方面的事情是从来不干预的。日本人很多在大街上集会骂安倍，一些不满政府的团体会到知名的场所集会游行，从来没有人干预。所以他们也不介意外国人会有什么攻击日本的言论。而在情色方面也是非常开放的，手机里存一些什么色情方面的照片之类的东西，也不会有人过问。所以在美国等西方国家备受关注的手机电脑存储内容，在日本海关是没有人过问的。
日本是一个非常遵从信用的国家，对于他们怀疑的一些问题，只要你做出肯定的回答，他们一般不会进行检查。有一次我无意中用一个装苹果的纸箱，装了一些中国的礼物，带到日本去，纸箱上印着大大的苹果图案和苹果的字样及商标，这样一个箱子很容易被人认为里面装的就是苹果。按照规定，没有经过检疫的水果是不可以入境的。日本海关工作人员看到是一个装苹果的纸箱，也引起关注，就问里面是不是装了一些中国特产没有水果？我回答“是”，对方就予放行了，并没有开箱检查。日本海关关注的重点是肉制品和危险品。机场的警犬关注到的一些行李会要求开箱检查。
题主说的这种情况真的不知道是什么原因，是不是你长得像某个通缉犯？还是你带着手机和别人的手机不一样，或者你的手机有问题过关时触发了安全装置？你说的真的是非常特别也是非常奇怪的现象。
（图片来源于网络）
应该是你自己编的故事吧，我去日本有N多次了，多少次过日本海关，从未遇到过这事儿。日本的海关对外国人都特别文明礼貌，不做不文明的事情，对中国人更客气。再举例，出日本海关后朋友（国人）驾车接我去宾馆，路遇盘查，警察看我们两的身份是中国人，就说请把车后盖打开检查，我的朋友说对不起，不能打开！警察又说，请协助我们工作，朋友说对不起！，，，，警察就放我们走了！海关把你手机拿走一会儿，应该不会有这种事情发生。
近日，沈阳桃仙机场icon海关关员对进境旅客行李进行监管时，发现过机图像异常，海关关员随即拦截并开箱查验，查获旅客违规携带境外电话卡150张。由于上述电话卡超个人自用合理范围，现已按相关规定作进一步处理。
有人说，这事海关是不是管得太宽了?
这还真是说错了。
虽然，境外电话SIM卡不是我国法律明文规定的禁止或限制进境的物品，在合理自用数量内邮寄入境不能算违法。
但是，请特别注意“个人自用合理范围”这几个字，超量邮寄或携带，存在规避我国手机实名认证管理规定的风险，有可能用于其他犯罪活动，比如电信诈骗。
所以，筑牢国门防线，离不了海关的火眼金睛。#沈阳头条#
佩洛西窜访台湾的行为，是对我国主权完整的巨大挑战。佩洛西自己搞不清楚状况，M国企业可不傻，苹果已经明确通知台湾的供应商，运往中国大陆的商品一定要标上中国台湾”或“中国台北”，不可以使用“台湾制造”字样，以符合大陆海关的相关规定。
苹果手机的大部分供应商在大陆，但也有少部分供应商属于台湾地区。就比如苹果使用的手机芯片，很多就是在台湾地区生产的。所以苹果最担心的就是一旦违规的话，货物被扣留，影响苹果手机的出货。
虽然苹果一直有把供应链向东南亚转移的打算，但是对于苹果而言，完全脱离中国市场是不可能的。中国市场有着东南亚无法替代的优势。比如产业链齐全，市场潜力巨大等等，这些都是东南亚国家无法与之相比的。所以苹果想要在中国立足，合法合规是最基本的原则。
不知道大家怎么看呢？